آیت الله العظمی مکارم شیرازی ضمن تقدیر از برنامه‌ریزی برای مسأله آزاد اندیشی در حوزه، اجرا شدن منظم این کار را امری ضروری دانستند.
ایشان در دیدار رئیس و اعضای کمیته مرکزی آزاد اندیشی حوزه‌های علمیه، تاکید کردند: مسأله آزاد‌اندیشی در حوزه‌ها یک اصل بوده و بهترین دلیل آن درس‌های خارج و سطح عالی حوزه است که شاگردان با کمال آزادی اشکالات و نظرات خود را در دروس گوناگون مطرح می‌کنند.
استاد حوزه قم با تأکید بر این که آزاد اندیشی افتخاری برای حوزه‌های علمیه است، ابراز داشتند: در طول تاریخ حوزه این مسائل بوده البته باید تحت انضباط باشد؛ در زمان امروز گاهی برخی برای آزاد اندیشی خط قرمزی قائل نیستند در حالی که خطوط قرمز باید مشخص بوده و نظارت وجود داشته باشد. (خ-۱۳۵۰)
