آیت‌الله العظمی نوری‌همدانی بر حفظ استقلال حوزه تاکید کردند و گفتند: استقلال حوزه به معنای وابسته نبودن به دولتهاست بر این اساس حوزه پیوسته باید دولتها را امر به معروف و نهی از منکر نموده و تذکر داشته باشد.
ایشان با تاکید بر حفظ استقلال حوزه ابراز داشتند: البته استقلال حوزه به معنای استقلال از نظام اسلامی و ولایی نیست چون این نظام جزء حوزه و فرزند حوزه و برخاسته از فرهنگ و عقیده دینی ماست و نگهداری آن لازم و ضروری است.
ایشان در ادامه توجه به اخلاص و معنویت در همه سطوح را توصیه کردند و ابراز داشتند: ما میراث دار امام صادق(ع) هستیم بنابراین باید تلاش کنیم تا سیره آن حضرت در شاگردپروری و تربیت طلاب را عملی کنیم؛ فقیه پروری، شناخت استعدادهای طلاب وطبقه بندی آنان به معنای تربیت متخصص در علوم حوزوی از خصوصیات حوزه علمیه امام صادق(ع) است که در زمان ما هم باید به آن توجه نمود. (خ-۱۳۰۱)
