حضرت آیت‌الله سبحانی، سلب تابعیت از آیت‌الله شیخ عیسی قاسم را عملی غیر قانونی دانستند و گفتند: آیت‌الله شیخ عیسی قاسم عالم برجسته بحرین که امام جماعت و جمعه و خطیب و نماینده مراجع عظام است، انسانی ملتزم و شریف است؛ ایشان همیشه سفارش می‌کردند که انقلاب ما باید مسالمت آمیز باشد؛ در این چند سالی که ملت بحرین انقلاب کردند، کسی که توانست این مردم را کنترل کند تا خونریزی انجام نشود، ایشان بود ولی در مقابل این عمل نیک، آل خلیفه از این شخصیت سلب تابعیت کرد.
ایشان افزودند: به فضل الهی قیام مردم بحرین پیروز می شود و قطعا پایان این شب سیاه سپید خواهد بود و تاریکی‌ها از بین می روند و خورشید عدالت پدیدار خواهد شد؛ امیدواریم آل خلیفه سر عقل بیاید تا به قانون عمل کند؛ در کدام قانون و حقوق سازمان ملل و حقوق بشر چنین حکمی وجود دارد اگر کسی که صدهاسال در یک سرزمین بوده است، سلب تابعیت کرد؟ این حکم نه ارزش قانونی دارد و نه ارزش الهی. (خ-۱۲۹۶)
