تولد و دوران كودكي
آیه الله شيخ ابوالفضل نجفي خوانساري در سال 1296 هجري شمسي در اصفهان، محله بيد آباد، و در خانواده‌اي اهل علم و دوستدار خاندان پاك پيامبر (ص) چشم به جهان گشود. پدرش مرحوم آیه الله حاج شيخ احمد خوانساري، از علماي بزرگ اصفهان بود كه ساليان متمادي از محضر علمايي همچون آخوند خراساني و علامه مامقاني بهره برده بود و در كسب اخلاق و عرفان، به مقام والايي دست يافته بود؛ چنانكه در اصفهان، همگان او را به عنوان چهره‌اي اخلاقي و مهذّب و دلرفته مي‌شناختند ـ او از ذوقي سرشار بهره‌مند بود و اشعار بسياري از او به جا مانده است.
دوران تحصيل
آیه الله خوانساري، با توجه به هوش و ذكاوت فوق العاده‌اي كه داشت، از ابتدا تحت تعليم پدر، تحصيلات مقدمات حوزه را آغاز كرد ـ در يازده سالگي، با رحلت پدر، تحت تكفل جد مادري اش ـ شيخ ابوتراب كلاردشتي مازندراني ـ قرار گرفت. پس از آن، در حوزه علميه اصفهان، از محضر استاداني چون مرحوم شيخ هبه الله هرندي استفاده كرد و درس نهج البلاغه عالم وارسته مرحوم ميرزاي علي آقا شيرازي شركت مي‌كرد. آن عالم بزرگ، قلب نوجوان را در سآیه آفتاب پرفروغ نهج البلاغه قرار داد زمينه را براي فتح قله‌هاي پاكي و وارستگي در دل او فراهم آورد.
آیه الله خوانساري در هجده سالگي، عازم حوزه نجف اشرف شد تا در كنار مرقد نوراني صاحب سخنان نهج البلاغه، اميرالمؤمنين 7 ، و در محض عالمان پرهيزگار آن دريار، مراتب علمي و عملي باقي مانده را بپيمايد. در دوره حضور در نجف، در درس استادان آن ديار، در زمينه‌هاي گوناگون شركت جست و ديري نگذشت كه موفق به فتح قله رفيع اجتهاد علمي و عملي شد. او 25 ساله بود كه از آیه الله العظمي سيد ابوالحسن اصفهاني اجازه اجتهاد و نقل روايات گرفت و سپس از آیه الله العظمي آقا ضياء عراقي و آیه الله سيد عبدالهادي شيرازي اجازه اجتهاد و از مرحوم شيخ آقا بزرگ تهراني، بنا به پيشنهاد خود آن مرحوم، اجازه نقل روايت دريافت كرد.
در طول اقامت در نجف، بيش از بيست بار با پاي پياده به كربلاي معلي رفت كه در يكي از اين سفرها با آیه الله العظمي خويي(ره) كه معمولا سفر پياده‌شان را تنها طي مي‌كردند، همراه بود و در سفر نيز با شهيد آیه الله شمس آبادي همسفر بود. سرانجام پس از شانزده سال اقامت در نجف، بر اثر بيماري ريه به ناچار به ايران آمد و يك سال در بيمارستان نياوران تهران بستري بود. پس از بهبودي در سال 1330 هجري شمسي در حوزه علميه قم رحل اقامت افكند و ضمن اينكه خود در درس آیه الله العظمي بروجردي(ره) شركت مي‌كرد، كتابهاي فراواني را تدريس كرد.
استادان و دوستان
آیه الله خوانساري ضمن بهره مندي از پدر خود كه عالمي وارسته بود، از محضر آیه الله عبدالله هرندي، آیه الله سيد احمد تقدّس، آیه الله شيخ احمد فيّاض و آیه الله شيخ محمد حسن نجف آبادي بهره‌هاي فراواني برد و در درس نهج البلاغه عارف نامي، حاج ميرزا علي آقا شيرازي نيز شركت مي‌جست. اينها همه مربوط به دوران حضور در حوزه علميه اصفهان بود.
با حضور در نجف اشرف، در درس رسائل، مكاسب و كفآیه آیه الله العظمي خويي شركت كرد و بخشي از كفايه را نزد آیه الله ميرزا محمد باقر زنجاني آموخت. او در محضر آیه الله شيخ صدرا باد كوبه‌اي، كتابهاي منظومه و شوارق الالهام را آموخت و در مدت حضور خود در آن ديار، در درس خارج فقه و اصول آيات عظام آقا ضياء الدين عراقي، سيد ابوالقاسم خويي، شيخ محمد حسين غروي اصفهاني (كمپاني)، شيخ محمد علي كاظميني، سيد عبدالهادي شيرازي، سيد جمال الدين گلپايگاني، شيخ موسي خوانساري، سيد محسن حكيم، شيخ محمد كاظم شيرازي و سيد محمود شاهرودي شركت كرد. همچنين او از درسهايي اخلاق آیه الله ميرزا علي آقا قاضي و آیه الله سيد جمال الدين گلپايگاني بهره‌هاي فراواني مي‌برد و در كنار علم، عمل خويش را نيز شكوفا و نوراني مي‌ساخت.
مصاحبت و بهره مندي از استادان فراوان، از ويژگيهاي آیه الله خوانساري است كه احاطه علمي او را به مسائل بيشتر ساخته و اطلاعات او را از سيكها و نحله‌هاي گوناگون در علوم اسلامي، دو چندان نموده است. او پس از بازگشت نجف و حضور در قم، در درس آیه الله العظمي بروجردي(ره) نيز شركت مي‌كرده از جمله دوستان آیه الله خوانساري، مي‌توان به آیه الله شيخ مرتضي حائري يزدي و آيت الله حاج شيخ صدرالدين حائري اشاره كرد.
فعاليتهاي علمي و فرهنگي
آیه الله خوانساري در حيات طيبه خود فعاليتهاي علمي و فرهنگي بسياري را به انجام رساند؛ او پس از سال 1330 كه به قم مشرف شد، تدريس يك دوره درس خارج از ابتداي بحث طهارت تا اواخر بحث حج، يك دوره بحث خارج مكاسب، دو دوره كتاب الصلوه، حكمت منظومه ملا هادي سبزواري پرداخت. با مهاجرت به اراك مباحث تيمم، صلات، زكات، خمس و حج را تدريس كرد و پس از بازگشت به قم در سال 1371 به تدريس دوباره فقه و اصول روي آورد. از اين رهگذر، شاگردان بسياري تربيت و به عالم اسلام تقديم شدند كه بسياري از آنان از علما و فضلاي حوزه امروز به شمار مي‌آيند.
ايشان در سالهاي حضور در اراك به تعمير و احياي بخشي از مدرسه علميه سپهداري كه امام(ره) مدتي در آن حضور داشتند، تأسيس و احياي مدرسه علميه مهديه، ساختن مصلاي بيت المقدس به مساحت چهار هكتار، احداث مسجد قدس و تأسيس يك بيمارستان پرداختند. اينها بخشي از فعاليتهاي او در اراك مي‌باشد و بخشي ديگر به ايجاد جو مذهبي و حل مشكلات مادي و معنوي مردم شهر است. از آیه الله خوانساري آثار مكتوبي نيز بر جاي مانده است كه به شرح زير است:
1- حاشيه بر كفآیه الاصول؛
2- حاشيه بر عروه الوثقي؛
3- حاشيه بر مكاسب؛
4- جوهر النضيد في شرح فروع التقليد من كتاب المستطاب العروه الوثقي؛
5- قاعده فراغ و تجاوز و اصاله الصّحه؛
6- رساله علميه؛
7- مناسك و آداب حج؛
فعاليتهاي سياسي
با رحلت آیه الله العظمي بروجردي(ره) رژيم پهلوي فشار خود را بر حوزه‌هاي علميه افزون ساخت و ضدّيت خود با اسلام را آشكار كرد. در اين ميان، در سال 1341 نداي امام خميني(ره) كه همگان را به مبارزه با رژيم شاه فرا مي‌خواند طنين انداخت و آیه الله خوانساري از نخستين كساني بود كه به اين ندا پاسخ مثبت داد.
او از مؤسسان جامعه مدرسين حوزه علميه قم بود و امضاي او در زير اعلاميه‌هاي مهم آن از جمله اعلاميه خلع يد شاه، به چشم مي‌خورد، او همواره در جلسات جامعه مدرسين شركت مي‌جست و خود نيز اطلاعيه‌هايي عليه شاه منتشر مي‌ساخت.
با پيروزي شكوهمند انقلاب اسلامي، به درخواست بسياري از علما و فضلا و اهالي استان مركزي و به پيشنهاد امام خميني(ره)، آیه الله خوانساري به اراك مهاجرت نمود تا ضمن حل مشكلات مردم، نماز جمعه آن شهر را به امامت خود اقامه كند. آیه الله خوانساري در طول دوران حضور خود، خدمات فرهنگي و سياسي بسياري از خود بر جاي نهاد. او همواره مردم را به اطاعت از ولايت فقيه كه ركن اساسي انقلاب اسلامي است، فرا مي‌خواند و همواره، در عرصه‌هاي مهم سياسي حضور فعال داشت.
با انتشار خبر رحلت امام(ره)، آیه الله خوانساري از شدت اندوه و تألم، دچار حمله قلبي شد و صبح آن روز در بيمارستان اراك بستري و سپس به بيمارستان خاتم الانبياء تهران منتقل شد. آیه الله خوانساري در سال 1371 با ضايعه از دست رفتن فرزند برومندش مواجه شد و به دليل تألم وارد شده و نيز شرايط نامساعد جسمي بار در قم حضور پيدا كرد.
آیه الله خوانساري در سال 1380 به رحمت ايزدي پيوست.
