حضرت آیت‌الله سبحانی در دیدار دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی با اشاره به وضعیت دانشگاه‌ها گفتند: «مدیریت دانشگاه‌ها به اصلاح نیاز دارد و باید به تعداد مورد نیاز دانشجو داشته باشیم.»
ایشان با تأکید بر اصلاح مدیریت در دانشگاه‌ها تصریح کردند: همه ما باید کاری کنیم که خروجی دانشگاه‌ها متدین و انقلابی باشند.
استاد حوزه علمیه قم در ادامه بیان کردند: گاهی نوشته‌هایی از منابع دانشگاهی برای ما آورده می‌شود که در این کتاب‌ها مبانی اسلامی مورد تشکیک قرار گرفته و شورای انقلاب فرهنگی باید بر محتوای کتب اشراف داشته باشد.
ایشان با انتقاد از فعالیت اساتیدی که با مفاهیم اسلامی مخالف هستند اظهار داشتند: به اساتیدی که نسبت به اسلام زاویه دارند نباید اجازه تدریس داده شود. (خ-۱۳۷۱)
