آیت الله العظمی مکارم شیرازی در واکنش به سلب تابعیت شیخ عیسی قاسم در بیانیهای اعلام کردند: «حکام بحرین با کمک عربستان سعودى که به سبب ناکامىهایش در سوریه و عراق و یمن به صورت کشتى شکستهاى درآمده که در حال غرق شدن است دست به کارهاى خطرناک عجیبى زدهاند، از جمله پس از تخریب دهها مسجد و حسینیه و زندانى کردن گروه زیادى از بزرگان و افراد عادى شیعه و ممنوع کردن نماز جماعت و تضییقات سوء دیگر اقدام به سلب تابعیت عالم بزرگ بحرین شیخ عیسى قاسم کرده، کارى که ممکن است حکام بحرین را به نقطه پایان حکومتشان برساند.»
در ادامه این بیانیه آمده است: «شیعیان بحرین تاکنون در تظاهرات مسالمتآمیزشان گفتهاند اگر حقوق مسلم آنها داده شود حاضرند با برادران اهل سنت که عداوت و دشمنى با آنها نداشته باشند همزیستى مسالمتآمیز کنند ولى حکام بحرین که از عقل و درایت کافى برخوردار نیستند خود را در گردآب خطرناکى افکندهاند که روز به روز بر گرفتارى آنها افزوده مىشود. آنها باید درک کرده باشند که مراجع شیعه هرگز اینگونه کارها را تحمل نخواهند کرد.»