حضرت آیت الله مظاهری با اشاره به ضرورت حفظ فقه جواهری و مجتهد پروری در حوزه، بر لزوم اصلاح و ارتقاء نظام آموزشی حوزه با حفظ سنت‌ها تاکید کردند.
ایشان با اشاره به لزوم اصلاح و ارتقاء نظام آموزشی حوزه، چنین اصلاحی را در تنافی با حفظ ساختار سنّتی و حفظ فقه جواهری ندانسته و تأکید کردند: برخی از کتبی که سال‌هاست در حوزه‌های علمیّه تدریس می‌شود، کتب منبع است که باید به عنوان پشتوانۀ علمی و مانند دائره المعارف فقه و اصول در حوزه‌ها استفاده شود و به جای آن لازم است کتب جدیدی که برای تعلیم و تعلّم مناسب‌تر است، تألیف گردد.
ایشان با ابراز نگرانی از افت علمی در بین طلاب، بر ضرورت اقدام برای جبران این مسئله تأکید کرده و اظهار داشتند: شورای عالی حوزه، با توجه به جایگاه خاصّ علمی و به نفوذ مؤثری که در حوزه‌ها و در بین طلّاب علوم دینی دارد، می‌تواند برای جبران افت علمی، فکر، برنامه‌ریزی و اقدام اثرگذار داشته باشد.
