در پی ارتحال عالم ربانی آیهالله حاج شیخ ابوالفضل نجفی خوانساری رهبر معظم انقلاب پیام تسلیتی صادر فرمودند: متن پیام بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
در گذشت عالم بزرگوار آیهالله آقای حاج شیخ ابوالفضل نجفی خوانساری را به حوزه‌ی علمیه‌ی قم و علمای اعلام و فضلای محترم آن و نیز به بیت مکرم و آقازادگان معزز ایشان تسلیت عرض می‌کنم.
خدمات این بزرگوار چه پیش از انقلاب که چهره‌ی بارزی در مجموعه‌ی جامعه‌ی مدرسین به شمار می‌رفتند و چه پس از انقلاب در سمت امامت جمعه و عضویت مجلس خبرگان از آثار فراموش نشدنی این عالم جلیل‌القدر محسوب می‌گردد. از خداوند متعال غفران و رحمت واسعه برای روح مطهر آن مرحوم و حشر با اولیاء الهی مسئلت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای
۲۵/۰۷/۱۳۸۰
