آیت الله اعرافی در آئین آغاز سال تحصیلی جدید حوزههای علمیه که در سالن اجتماعات مدرسه عالی دارالشفاء برگزار شد، با تبریک آغاز سال تحصیلی با اشاره به مهم ترین وظیفه حوزه خاطرنشان کرد: مهم ترین وظیفه مدیران و دست اندرکاران تعلیم و تربیت حوزوی برنامه ریزی برای رشد اخلاقی، تعالی روحی و قدرتمندی طلبه برای غلبه بر هواهای نفسانی است، درسهای اخلاق ما و اخلاق در درسهای ما باید راه را به سمت این قلههای بلند و معنویت به روی طلاب عزیز ما بگشاید.
آیت الله اعرافی همچنین گفت: حوزههای ما از امام آموختند که می توان با روح انقلابی و فرهنگ جهادی بر موانع بزرگ غالب شد و مشکلات را پشت سر گذاشت. مدیر حوزه های علمیه همچنین خاطرنشان کرد: بیانیه گام دوم انقلاب باید در همه ارکان حوزه تجلی پیدا کند، خودشناسی و تحول قاعده مند، اصلی است که نباید از آن غفلت کرد؛ ما همواره باید آسیب ها را بشناسیم تا آن را کاهش دهیم، اصل تحول باید با هوشمندی، روش مندی به اصالت حوزه باید صورت گیرد.