آيت الله اعرافي در آئين آغاز سال تحصيلي جدید حوزههای علميه که در سالن اجتماعات مدرسه عالي دارالشفاء برگزار شد، با تبريک آغاز سال تحصيلي با اشاره به مهم ترين وظيفه حوزه خاطرنشان کرد: مهم ترين وظيفه مديران و دست اندرکاران تعليم و تربيت حوزوي برنامه ريزي براي رشد اخلاقي، تعالي روحي و قدرتمندي طلبه براي غلبه بر هواهاي نفساني است، درسهای اخلاق ما و اخلاق در درسهای ما بايد راه را به سمت اين قلههای بلند و معنويت به روي طلاب عزيز ما بگشايد.
آيت الله اعرافي همچنین گفت: حوزههای ما از امام آموختند که مي توان با روح انقلابي و فرهنگ جهادي بر موانع بزرگ غالب شد و مشکلات را پشت سر گذاشت. مدیر حوزه های علمیه همچنین خاطرنشان کرد: بیانیه گام دوم انقلاب باید در همه ارکان حوزه تجلی پیدا کند، خودشناسی و تحول قاعده مند، اصلی است که نباید از آن غفلت کرد؛ ما همواره باید آسیب ها را بشناسیم تا آن را کاهش دهیم، اصل تحول باید با هوشمندی، روش مندی به اصالت حوزه باید صورت گیرد.