حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای در پیامی درگذشت عالم ربانی، فقیه و حکیم مجاهد، آیت‌الله مصباح یزدی را تسلیت گفتند. متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌الله الرّحمن الرّحیم
با تأسف و تأثر فراوان خبر درگذشت عالم ربانی، فقیه و حکیم مجاهد، آیت‌الله آقای حاج شیخ محمدتقی مصباح یزدی را دریافت کردم. این، خسارتی برای حوزه‌ی علمیه و حوزه‌ی معارف اسلامی است. ایشان متفکری برجسته، مدیری شایسته، دارای زبان گویائی در اظهار حق و پای با استقامتی در صراط مستقیم بودند. خدمات ایشان در تولید اندیشه‌ی دینی و نگارش کتب راه‌گشا، و در تربیت شاگردان ممتاز و اثرگذار، و در حضور انقلابی در همه‌ی میدانهائی که احساس نیاز به حضور ایشان می‌شد، حقاً و انصافاً کم‌نظیر است. پارسائی و پرهیزگاری خصلت همیشگی ایشان از دوران جوانی تا آخر عمر بود و توفیق سلوک در طریق معرفت توحیدی، پاداش بزرگ الهی به این مجاهدت بلند مدت است. اینجانب که خود سوگوار این برادر قدیمی و عزیز می‌باشم، به خاندان گرامی و فرزندان عالم و صالح و دیگر بازماندگان ایشان و نیز به شاگردان و ارادتمندان این معلّم بزرگ و به حوزه‌ی علمیه تسلیت عرض می‌کنم و علوّ درجات ایشان و مغفرت و رحمت الهی را برای ایشان مسألت می‌نمایم.(خ ۱۴۰۵)
