آیت‌الله مقتدایی در پیام تسلیتی به مناسبت ارتحال آیت‌الله یزدی بیان کردند: خبر ارتحال فقیه مجاهد حضرت آیت‌الله آقای حاج شیخ محمد یزدی رحمه الله علیه موجب تأثر و تأسف عمیق اینجانب گردید. مجاهدت‌های ایشان در خدمت امام راحل از آغاز شروع مبارزات علیه رژیم پهلوی باصراحت لهجه و شجاعت خاص مورد توجه همگان بود و بعد انقلاب نیز با توجه به جایگاه علمی و حوزوی با پذیرش مسئولیتهای خطیر از جمله ریاست قوه قضائیه، مجلس خبرگان رهبری و جامعه مدرسین، عضویت در شورای نگهبان و… با همان مواضع شفاف و استوار و صادقانه خدمات فراوانی به نظام و کشور نمود. فقدان آن دانشمند پارسا و با اخلاص را به مقام معظم رهبری و مراجع عظام تقلید و حوزه‌های علمیه و مردم شریف ایران و قم و بیت شریف ایشان تسلیت و تعزیت عرض می کنم و علو درجات، رضوان الهی و حشر با اولیای الهی و شهدای سرافراز را برای ایشان و صبر جمیل و اجر جزیل برای بازماندگان محترم از خداوند مهربان خواستارم.(خ ۱۴۰۴)
