آیت‌الله العظمی شبیری زنجانی حفظ استقلالی مالی حوزه‌های علمیه از دولت‌ها را یک ضرورت‌دانستند و تصریح کردند: دست حوزه نباید مقابل دیگران دراز باشد.
ایشان‌در دیدار با آیت‌الله‌‌اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه خاطر نشان کردند: خیلی خوب است که شما پیگیر استقلال مالی حوزه‌ها هستید.
آیت‌الله‌العظمی شبیری زنجانی با انتقاد از رواج مدرک گرایی در حوزه‌های علمیه فرمودند: علم را یا باید برای خدا و پاداش اخروی فراگرفت و یا برای خود علم و ارزشمندی آن. وقتی کسی برای مدرک درس می‌خواند ملّا نمی شود. (خ-۱۳۸۹)
