حضرت آیت الله سبحانی در دیدار آیت الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه؛ با تأکید بر تغییر برخی اسلوب درسی حوزه‌های علمیه تأکید کردند: اصول و دروس حوزوی باید به‌صورت موجز و خلاصه به طلاب عرضه شود؛ چرا که شرایط علم‌اندوزی در جامعه کنونی با گذشته تفاوت کرده است.
ایشان همچنین با بیان اهمیت و جایگاه حوزه علمیه قم تأکید کردند: حوزه اصلی تشیع در زمان حال در قم تجلی‌یافته و امید شیعیان جهان به حوزه علمیه قم است و خیل استعداد در این حوزه فراوان است که برای شناسایی آن‌ها یک مهندسی دقیق نیاز است که وظیفه مدیران است. (خ-۱۳۴۰)
