حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای رهبر معظّم انقلاب اسلامی در دیدار دست‌اندرکاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیّدمصطفی خمینی در آستانه چهلمین سالگرد رحلت ایشان، ضمن قدردانی از برگزاری چنین کنگره‌ای، مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیّتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرئت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود و معرّفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است.
حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای به جایگاه تأثیرگذار مرحوم حاج سیّدمصطفی خمینی در حادثه مهم دستگیری امام (رحمه‌الله) در سال ۴۲ اشاره کردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه سلام‌الله‌علیها و گرد آمدن مبارزین در کنار ایشان، کار بزرگ و شجاعانه‌ای انجام داد و توانست حرکت مردم را هدایت کند.
رهبر معظم انقلاب اسلامی درگذشت مرموز و بهت‌آور مرحوم حاج سیّدمصطفی خمینی در اوّل آبان سال ۱۳۵۶ را نیز زمینه‌ساز ایجاد موج مردمی بیان کردند و گفتند: نحوه مواجهه امام (رحمه‌الله) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیّه الهی دانستند، بخشی از شخصیّت عظیم امام بزرگوار را در تحمّل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.
حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سیّدمصطفی خمینی و ساده‌زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزندِ شخصیّت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی (رحمه‌الله) بود امّا ذرّه‌ای از نشانه‌های آقازادگی در وی نبود.
ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی بشدّت علاقه‌مند و عاشق امام بود و کوچک‌ترین تعرّض به شخصیّت امام را برنمی‌تابید. (خ-۱۳۴۰)
