تاریخ نتوانسته است ترسیم روشنی از دوران ده‌ساله زندگی امام هشتم در زمان هارون و بعد از او در دوران پنج‌ساله جنگ‌های داخلی میان خراسان و بغداد به ما ارائه کند، اما به تدبر می‌توان فهمید که امام هشتم در این دوران همان مبارزه درازمدت اهل‌بیت(ع) را که در همه اعصار بعد از عاشورا استمرار داشته با همان جهت‌گیری و همان اهداف ادامه می‌داده است.
هنگامی که امام را از مدینه به خراسان دعوت کردند آن حضرت فضای مدینه را از کراهت و نارضائی خود پرکرد، به‌طوری‌که همه‌کس در پیرامون امام یقین کردند که مأمون با نیت سوء حضرت را از وطن خود دور می‌کند. امام بدبینی خود به مأمون را با هر زبان ممکن به همه‌ی گوش‌ها رساند.
درحالی که مأمون امام را جدا از مردم می‌پسندید و این جدائی را در نهایت وسیله‌ای برای قطع رابطه‌ی معنوی و عاطفی میان امام و مردم می‌خواست، امام در هر فرصتی خود را در معرض ارتباط با مردم قرار می‌داد، با این‌که مأمون آگاهانه مسیر حرکت امام از مدینه تا مرو را به طرزی انتخاب کرده بود که شهرهای معروف به محبت اهل بیت(ع) مانند کوفه و قم در سر راه قرار نگیرند. امام در همان مسیر تعیین شده، از هر فرصتی برای ایجاد رابطه‌ی جدیدی میان خود و مردم استفاده کرد. در اهواز آیات امامت را نشان داد، در بصره خود را در معرض محبت دل‌هائی که با او نامهربان بودند قرار داد، در نیشابور حدیث سلسله‌الذهب را برای همیشه به یادگار گذاشت و علاوه بر آن نشانه‌های معجزه‌آسای دیگری نیز آشکار ساخت و در جابه‌جای این سفر طولانی فرصت ارشاد مردم را مغتنم شمرد، در مرو که سر منزل اصلی و اقامت‌گاه خلافت بود هم هرگاه فرصتی دست داد حصارهای دستگاه حکومت را برای حضور در انبوه جمعیت مردم شکافت.
در مدینه و مکه و دیگر اقطار مهم اسلامی نه فقط نام علی‌بن‌موسی(ع) به تهمت حرص بدنیا و عشق به مقام و منصب از رونق نیفتاده بلکه حشمت ظاهری بر عزت معنوی او افزوده شده و زبان ستایش‌گران پس از ده‌ها سال به فضل و رتبه معنوی پدران مظلوم و معصوم او گشوده شده است. کوتاه سخن آن‌که مأمون در این قمار بزرگ نه تنها چیزی بدست نیاورده که بسیاری چیزها را از دست داده و در انتظار است که بقیه را نیز از دست بدهد. این‌جا بود که مأمون احساس شکست و خسران کرد و در صدد بر آمد که خطای فاحش خود را جبران کند و خود را محتاج آن دید که پس از این همه سرمایه‌گذاری سرانجام برای مقابله با دشمنان آشتی‌ناپذیر دستگاه‌های خلافت یعنی ائمه اهل‌بیت (علیهم‌السّلام) به همان شیوه‌ای متوسل شد که همیشه گذشتگان ظالم و فاجر او متوسل شده بودند، یعنی قتل. (خ-۱۳۳۱)
