آیت الله العظمی مکارم شیرازی در واکنش به سلب تابعیت شیخ عیسی قاسم در بیانیه‌ای اعلام کردند: «حكام بحرين با كمك عربستان سعودى كه به سبب ناكامى‌هايش در سوريه و عراق و يمن به صورت كشتى شكسته‌اى درآمده كه در حال غرق شدن است دست به كارهاى خطرناك عجيبى زده‌اند، از جمله پس از تخريب ده‌ها مسجد و حسينيه و زندانى كردن گروه زيادى از بزرگان و افراد عادى شيعه و ممنوع كردن نماز جماعت و تضييقات سوء ديگر اقدام به سلب تابعيت عالم بزرگ بحرين شيخ عيسى قاسم كرده، كارى كه ممكن است حكام بحرين را به نقطه پايان حكومتشان برساند.»
در ادامه این بیانیه آمده است: «شيعيان بحرين تاكنون در تظاهرات مسالمت‌آميزشان گفته‌اند اگر حقوق مسلم آنها داده شود حاضرند با برادران اهل سنت كه عداوت و دشمنى با آنها نداشته باشند همزيستى مسالمت‌آميز كنند ولى حكام بحرين كه از عقل و درايت كافى برخوردار نيستند خود را در گردآب خطرناكى افكنده‌اند كه روز به روز بر گرفتارى آنها افزوده مى‌شود. آنها بايد درك كرده باشند كه مراجع شيعه هرگز اين‌گونه كارها را تحمل نخواهند كرد.»
