حضرت آیت‌الله سبحانی از حادثه مسجد الحرام به عنوان یک مصیبت یاد کردند و ضمن انتقاد از کم توجهی آل سعود به حفظ جان میهمانان بیت الله الحرام، گفتند: «جمع زیادی که میهمانان خدا هستند بر أثر بی‌اعتباری و بی‌علاقگی افراد به حفظ جان حجاج، جان شان را از دست داده‌اند.»
آیت‌الله سبحانی همچنین جملاتی کوتاه را به زبان عربی بیان و برای شادی روح درگذشتگان این حادثه دعا کردند.
