آیت الله مظاهری با اشاره به این که ما در حوزه‌های علمیه افت علم داریم و فقه سنتی ضربه خورده است، تصریح کرد: از نظر نوشتن و مطالعات و ظواهر و شرع ترقی خوبی داشتیم و سالی چندین میلیون کتاب از سوی طلاب چاپ می‌شود و خوب دفع شبهه می‌شود، اما از نظر فقه جواهری و فقه سنتی که امام واهمه آن را داشتند و آن را پایه حوزه‌ها می‌دانستند، افت داریم.
ایشان در مراسم عمامه گذاری طلاب حوزه علمیه اصفهان با اظهار تأسف از این که برخی درس خارج می‌خوانند و در سطح عالی قرار دارند اما عمامه نمی‌گذارند، خاطرنشان کرد: این نقص بزرگی است و تقاضا دارم که این طلاب هم معمم شوند، زیرا طلابی که معمم نمی‌شوند سرباز بی نام و نشان امام‌زمان(عجل الله تعالی فرجه الشریف) هستند.
