آیت‌الله اعرافی، در خطبه‌های نماز جمعه قم، ضمن محکومیت حادثه تروریستی در افغانستان تاکید کرد:  مسلمانان و جوامع اسلامی نباید از کنار این حادثه به سادگی عبور کنند و آنهایی که قدرت کنونی افغانستان را بر عهده دارند، باید امنیت و صیانت از جان مردم این کشور را بر عهده بگیرند. وی درادامه با بیان اینکه مردم ایران و آذربایجان اشتراکات دینی و فرهنگی بسیاری باهم دارند، گفت:  نظام اسلامی ایران از حضور رژیم صهیونیستی در کشور آذربایجان نگران است و نباید دولت این کشور بگذارند که سران اسرائیلی برای آنها تصمیم گیری کنند. آیت‌الله اعرافی بیان کرد:  باید حکومت آذربایجان برای حاکمیت و تمامیت ارضی کشور ایران احترام قائل شود و بداند که نظام اسلامی با اقتدار از مرزهای خود دفاع خواهد کرد.