آیت‌الله اعرافی در دیدار دکتر محسن رضایی دبیرمجمع تشخیص مصلحت نظام بر عملیاتی سازی تفاهم نامه حوزه‌های علمیه و مجمع تشخیص مصلحت نظام تاکید نمود و گفت: حوزه با تعمیق توجه به مسائل فرهنگی واجتماعی و دغدغه‌های نظام اسلامی به عنوان حوزه انقلابی ورود نموده، با ارتقای سطوح دغدغه مندی حوزویان نسبت به مسائل کشور، قوه مطالبه گری طلاب و روحانیون را نیز  تقویت کرده است. وی با بیان این که برای نقاط تلاقی حوزه با بیرون دستیار ویژه ای تعریف شده است و حدود ۱۲ ستاد تخصصی در موضوعات اجتماعی و فرهنگی راه اندازی شده است. اظهار داشت: در برنامه پنج ساله و طرح آمایش حوزه‌های علمیه، بحث بهره‌گیری حداکثری از ظرفیت نخبگانی طلاب و فضلای حوزه‌های علمیه و اخذ نظرات و دیدگاه‌های ایشان برجسته شده است.