تولد و دوران کودکی
آیه الله شیخ ابوالفضل نجفی خوانساری در سال ۱۲۹۶ هجری شمسی در اصفهان، محله بید آباد، و در خانواده‌ای اهل علم و دوستدار خاندان پاک پیامبر (ص) چشم به جهان گشود. پدرش مرحوم آیه الله حاج شیخ احمد خوانساری، از علمای بزرگ اصفهان بود که سالیان متمادی از محضر علمایی همچون آخوند خراسانی و علامه مامقانی بهره برده بود و در کسب اخلاق و عرفان، به مقام والایی دست یافته بود؛ چنانکه در اصفهان، همگان او را به عنوان چهره‌ای اخلاقی و مهذّب و دلرفته می‌شناختند ـ او از ذوقی سرشار بهره‌مند بود و اشعار بسیاری از او به جا مانده است.
دوران تحصیل
آیه الله خوانساری، با توجه به هوش و ذکاوت فوق العاده‌ای که داشت، از ابتدا تحت تعلیم پدر، تحصیلات مقدمات حوزه را آغاز کرد ـ در یازده سالگی، با رحلت پدر، تحت تکفل جد مادری اش ـ شیخ ابوتراب کلاردشتی مازندرانی ـ قرار گرفت. پس از آن، در حوزه علمیه اصفهان، از محضر استادانی چون مرحوم شیخ هبه الله هرندی استفاده کرد و درس نهج البلاغه عالم وارسته مرحوم میرزای علی آقا شیرازی شرکت می‌کرد. آن عالم بزرگ، قلب نوجوان را در سآیه آفتاب پرفروغ نهج البلاغه قرار داد زمینه را برای فتح قله‌های پاکی و وارستگی در دل او فراهم آورد.
آیه الله خوانساری در هجده سالگی، عازم حوزه نجف اشرف شد تا در کنار مرقد نورانی صاحب سخنان نهج البلاغه، امیرالمؤمنین ۷ ، و در محض عالمان پرهیزگار آن دریار، مراتب علمی و عملی باقی مانده را بپیماید. در دوره حضور در نجف، در درس استادان آن دیار، در زمینه‌های گوناگون شرکت جست و دیری نگذشت که موفق به فتح قله رفیع اجتهاد علمی و عملی شد. او ۲۵ ساله بود که از آیه الله العظمی سید ابوالحسن اصفهانی اجازه اجتهاد و نقل روایات گرفت و سپس از آیه الله العظمی آقا ضیاء عراقی و آیه الله سید عبدالهادی شیرازی اجازه اجتهاد و از مرحوم شیخ آقا بزرگ تهرانی، بنا به پیشنهاد خود آن مرحوم، اجازه نقل روایت دریافت کرد.
در طول اقامت در نجف، بیش از بیست بار با پای پیاده به کربلای معلی رفت که در یکی از این سفرها با آیه الله العظمی خویی(ره) که معمولا سفر پیاده‌شان را تنها طی می‌کردند، همراه بود و در سفر نیز با شهید آیه الله شمس آبادی همسفر بود. سرانجام پس از شانزده سال اقامت در نجف، بر اثر بیماری ریه به ناچار به ایران آمد و یک سال در بیمارستان نیاوران تهران بستری بود. پس از بهبودی در سال ۱۳۳۰ هجری شمسی در حوزه علمیه قم رحل اقامت افکند و ضمن اینکه خود در درس آیه الله العظمی بروجردی(ره) شرکت می‌کرد، کتابهای فراوانی را تدریس کرد.
استادان و دوستان
آیه الله خوانساری ضمن بهره مندی از پدر خود که عالمی وارسته بود، از محضر آیه الله عبدالله هرندی، آیه الله سید احمد تقدّس، آیه الله شیخ احمد فیّاض و آیه الله شیخ محمد حسن نجف آبادی بهره‌های فراوانی برد و در درس نهج البلاغه عارف نامی، حاج میرزا علی آقا شیرازی نیز شرکت می‌جست. اینها همه مربوط به دوران حضور در حوزه علمیه اصفهان بود.
با حضور در نجف اشرف، در درس رسائل، مکاسب و کفآیه آیه الله العظمی خویی شرکت کرد و بخشی از کفایه را نزد آیه الله میرزا محمد باقر زنجانی آموخت. او در محضر آیه الله شیخ صدرا باد کوبه‌ای، کتابهای منظومه و شوارق الالهام را آموخت و در مدت حضور خود در آن دیار، در درس خارج فقه و اصول آیات عظام آقا ضیاء الدین عراقی، سید ابوالقاسم خویی، شیخ محمد حسین غروی اصفهانی (کمپانی)، شیخ محمد علی کاظمینی، سید عبدالهادی شیرازی، سید جمال الدین گلپایگانی، شیخ موسی خوانساری، سید محسن حکیم، شیخ محمد کاظم شیرازی و سید محمود شاهرودی شرکت کرد. همچنین او از درسهایی اخلاق آیه الله میرزا علی آقا قاضی و آیه الله سید جمال الدین گلپایگانی بهره‌های فراوانی می‌برد و در کنار علم، عمل خویش را نیز شکوفا و نورانی می‌ساخت.
مصاحبت و بهره مندی از استادان فراوان، از ویژگیهای آیه الله خوانساری است که احاطه علمی او را به مسائل بیشتر ساخته و اطلاعات او را از سیکها و نحله‌های گوناگون در علوم اسلامی، دو چندان نموده است. او پس از بازگشت نجف و حضور در قم، در درس آیه الله العظمی بروجردی(ره) نیز شرکت می‌کرده از جمله دوستان آیه الله خوانساری، می‌توان به آیه الله شیخ مرتضی حائری یزدی و آیت الله حاج شیخ صدرالدین حائری اشاره کرد.
فعالیتهای علمی و فرهنگی
آیه الله خوانساری در حیات طیبه خود فعالیتهای علمی و فرهنگی بسیاری را به انجام رساند؛ او پس از سال ۱۳۳۰ که به قم مشرف شد، تدریس یک دوره درس خارج از ابتدای بحث طهارت تا اواخر بحث حج، یک دوره بحث خارج مکاسب، دو دوره کتاب الصلوه، حکمت منظومه ملا هادی سبزواری پرداخت. با مهاجرت به اراک مباحث تیمم، صلات، زکات، خمس و حج را تدریس کرد و پس از بازگشت به قم در سال ۱۳۷۱ به تدریس دوباره فقه و اصول روی آورد. از این رهگذر، شاگردان بسیاری تربیت و به عالم اسلام تقدیم شدند که بسیاری از آنان از علما و فضلای حوزه امروز به شمار می‌آیند.
ایشان در سالهای حضور در اراک به تعمیر و احیای بخشی از مدرسه علمیه سپهداری که امام(ره) مدتی در آن حضور داشتند، تأسیس و احیای مدرسه علمیه مهدیه، ساختن مصلای بیت المقدس به مساحت چهار هکتار، احداث مسجد قدس و تأسیس یک بیمارستان پرداختند. اینها بخشی از فعالیتهای او در اراک می‌باشد و بخشی دیگر به ایجاد جو مذهبی و حل مشکلات مادی و معنوی مردم شهر است. از آیه الله خوانساری آثار مکتوبی نیز بر جای مانده است که به شرح زیر است:
۱- حاشیه بر کفآیه الاصول؛
۲- حاشیه بر عروه الوثقی؛
۳- حاشیه بر مکاسب؛
۴- جوهر النضید فی شرح فروع التقلید من کتاب المستطاب العروه الوثقی؛
۵- قاعده فراغ و تجاوز و اصاله الصّحه؛
۶- رساله علمیه؛
۷- مناسک و آداب حج؛
فعالیتهای سیاسی
با رحلت آیه الله العظمی بروجردی(ره) رژیم پهلوی فشار خود را بر حوزه‌های علمیه افزون ساخت و ضدّیت خود با اسلام را آشکار کرد. در این میان، در سال ۱۳۴۱ ندای امام خمینی(ره) که همگان را به مبارزه با رژیم شاه فرا می‌خواند طنین انداخت و آیه الله خوانساری از نخستین کسانی بود که به این ندا پاسخ مثبت داد.
او از مؤسسان جامعه مدرسین حوزه علمیه قم بود و امضای او در زیر اعلامیه‌های مهم آن از جمله اعلامیه خلع ید شاه، به چشم می‌خورد، او همواره در جلسات جامعه مدرسین شرکت می‌جست و خود نیز اطلاعیه‌هایی علیه شاه منتشر می‌ساخت.
با پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی، به درخواست بسیاری از علما و فضلا و اهالی استان مرکزی و به پیشنهاد امام خمینی(ره)، آیه الله خوانساری به اراک مهاجرت نمود تا ضمن حل مشکلات مردم، نماز جمعه آن شهر را به امامت خود اقامه کند. آیه الله خوانساری در طول دوران حضور خود، خدمات فرهنگی و سیاسی بسیاری از خود بر جای نهاد. او همواره مردم را به اطاعت از ولایت فقیه که رکن اساسی انقلاب اسلامی است، فرا می‌خواند و همواره، در عرصه‌های مهم سیاسی حضور فعال داشت.
با انتشار خبر رحلت امام(ره)، آیه الله خوانساری از شدت اندوه و تألم، دچار حمله قلبی شد و صبح آن روز در بیمارستان اراک بستری و سپس به بیمارستان خاتم الانبیاء تهران منتقل شد. آیه الله خوانساری در سال ۱۳۷۱ با ضایعه از دست رفتن فرزند برومندش مواجه شد و به دلیل تألم وارد شده و نیز شرایط نامساعد جسمی بار در قم حضور پیدا کرد.
آیه الله خوانساری در سال ۱۳۸۰ به رحمت ایزدی پیوست.
